Shinseiki Evangelion Movie: Air/Magokoro wo, Kimi ni

Shinji Ikari mengalami koma secara emosional setelah kematian seorang teman baiknya. Karena putranya secara mental tidak mampu mengemudikan robot humanoid Evangelion Unit-01, NERV Gendou Ikari berpacu melawan organisasi bayangan SEELE untuk melihat siapa yang dapat melaksanakan rencana akhir mereka terlebih dahulu. SEELE ingin menciptakan makhluk seperti dewa dengan menggabungkan jiwa mereka ke dalam unit Evangelion, sementara Gendou ingin mengembalikan seluruh umat manusia menjadi satu makhluk primordial sehingga dia dapat bertemu kembali dengan Yui, mendiang istrinya.

SEELE melepaskan kekuatan militernya dalam invasi mematikan ke markas NERV. Saat pasukan SEELE menebas ilmuwan dan personel keamanan NERV, Asuka Langley Souryuu mengemudikan Evangelion Unit-02 dalam perjuangan terakhir melawan persenjataan terberat SEELE.

Pertempuran berkecamuk, dan Shinji yang depresi bersembunyi jauh di dalam markas NERV. Dengan nasib dunia berada di tangan Shinji, Kapten Misato Katsuragi memburu remaja laki-laki tersebut saat masyarakat di sekitar mereka runtuh.